在房地产开发项目进行土地增值税清算时，房地产开发企业扣留的建筑施工企业质量保证金是否允许扣除？

房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。

该项规定的意思是，未开具发票的，扣留的质保金所对应的开发成本在土地增值税清算时不得计算扣除。如果房地产开发企业在土地增值税清算时，因未能取得票据而不得计算扣除这部分开发成本，在土地增值税分项目或分期清算、房地产开发项目滚动开发的情况下，开发企业在某项目或某期开发产品土地增值税清算后偿付质保金并取得的票据如何处理呢？是计入下一期的开发成本还是“过期作废”？如果计入下一期开发项目的开发成本，可能影响各期开发成本的真实性，同时为人为调节各期的土地增值额和土地增值率留下了空间，与土地增值税分项、分期清算的目标相违背。如果“过期作废”，则对房地产开发企业有失公平。

针对上述问题，建议开发企业结合开发项目特点进行合理筹划。由于同一地块分期、滚动开发的特点，决定了开发成本结算也会分期、滚动发生，只要前后几期项目中的某一分部工程（如土建、安装、装饰等）是由同一施工企业完成的，那么，开发企业可以将应扣留的已完工的前期工程项目质保金在后一期应结算的工程进度款中扣留，同时与施工企业签订补充合同明确约定，一旦已完工项目存在质量问题，在后一期项目进度款中扣留的质保金将不予支付，进而要求对方将前期已完工工程按结算价款全额开票。至于最后一期开发项目，开发企业在进行施工质量管理和工程价款结算时，应在充分考虑税法的要求，尽可能在土地增值税清算期内取得与全部开发成本相应的合法凭证。