《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）规定：

“一、个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。

应纳税所得额的计算公式如下：

应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费”

从上述规定可以看出，自然人股东对被投资公司减资，从被投资公司取得的款项减去原投资成本及相关税费，没有所得的不用交税；有所得的，按照财产转让所得适用20%税率缴纳个税。

此外，如果公司的注册资本股东只是认缴，还没有实缴，股东减资并不从被投资公司取得款项，被投资公司只是办理减资的变更登记手续，这种情况下，股东并不涉及交税。